生物菌因其是生物活体肥料，其特别的成分决议了它必需有特定的应用要求。
土壤环境要求会影响菌肥应用后果，如温度、光照、土壤水分、酸碱度及应用方式等，所以在应用的时候就须要斟酌到这些方面。
一、调控好地温 通常菌肥中的生物菌在土壤18-25℃时性命运动较为活泼，15℃以下时性命运动开端下降，10℃以下时运动才能已特别微弱，甚至处于休眠状况。
因而，冬天大棚蔬菜施入菌肥后，调控好地温至关主要。
而在冬天要想坚持较高的地温，首先要把持好大棚内的气温，以气温促地温回升。
通常棚内气温白日应坚持在25-30℃为宜，夜间棚内温度低，为防止地温散掉，保持地温恒定，除了采用地膜笼罩外，在操纵行内笼罩作物秸秆也不掉为一种好措施。
二、调控好土壤的湿度 土壤含水量不足晦气于生物菌的生长滋生，但土壤在浇水过大，透气性不良，含氧量较少的情形下也晦气于生物菌的生存。
因而，除调控好地温外，公道浇水也特别主要。
通常情形下，浇水应选在好天上午举行，因这段时光内浇水有利于地温的恢复和棚内湿气的消除。
浇水时要留意浇小水，切忌洪流漫灌。
若在蔬菜苗期笼罩地膜之前浇水，还应实时举行划锄，以增添土壤的透气性，增进生物菌的性命运动。
三、留意施足有机肥 而生物菌的功能是在土壤有机质丰盛的条件下才干施展出来的。
假如土壤中的有机肥施用不足，生物菌就会因食品缺少而应用后果不良。
假如土壤中的有机质供给充分，生物菌肥中的益生菌就会大批的滋生，从而加强对无益菌的克制。
因而，蔬菜定植前，必定要留意施足有机肥。
四、应用方式要适当 菌肥可作基肥，畦施、沟施或穴施；也可作追肥，举行冲施。
生物菌肥穴施后果较好，生物菌能够敏捷在蔬菜的根系四周形成强盛的菌群，维护根系。
假如土壤中病原菌积聚较多，如种了十几年的老棚，建议采用先普施后穴施的方法以增添土壤中生物菌的数目，加强防病后果。
五、多种生物菌肥不宜同期应用 利用生物菌肥时尽量只应用一种，不宜将含有区别有益菌的多种生物菌肥同期应用，更不该频繁调换应用区别种类的生物菌，这是由于生物菌肥要施展感化，须要有益微生物大批滋生才干施展感化。
而微生物与微生物之间存在互生、共生（狭义的）和抗衡三类关系，此中抗衡关系又包含拮抗、寄生、竞争、捕食等多种类型。
通常区别的菌肥产品所含的重要有益菌种区别。
要留意不断弥补新的菌肥，如基肥中用过后，可多次追同一种生物菌肥，以强大菌群，进步防效。
六、特殊留意事项 利用生物菌肥后凡是不能再应用杀菌剂。
由于生物菌中的有益菌可以被用到土壤中的杀菌剂杀灭，所以杀菌剂不能与生物菌同期应用。
